企业项目管理系统可以理解为一个集成了多项功能的软件工具，它主要用于多人协作的项目管理。对于企业来说，使用项目管理系统可以优化工作流程，提高效率，确保项目顺利完成。但是，如何运用好企业项目管理系统呢？

首先，需要对项目管理系统进行全面的了解和熟悉。通过学习软件的使用手册，了解其功能及相关操作流程，以充分掌握软件的使用技巧。

其次，需要为使用项目管理系统进行适当的规划。在企业内部，需要制定项目管理系统的使用标准及最佳实践，协调各部门之间的工作流程，保证项目在全面、高效、自动化的管理下进行。

运用企业项目管理系统时，需要注意合理地安排工时和任务，使得各项工作能够按时按质地完成。同时，要建立严格的进度和报告体系，及时跟踪整个项目进展情况，发现问题并采取有效措施解决。

对于企业来说，项目的风险和成本也是非常重要的因素。在使用项目管理系统时，需要注重风险和成本管理。项目管理系统可以帮助企业进行风险评估和成本预估，并在项目实施中及时进行监控和调整，确保企业获得最大的投资回报。

另外，企业项目管理系统不仅可以单独使用，更可以与其他软件和系统进行整合，进一步提升管理效率。比如将项目管理系统与企业的ERP、CRM等系统进行整合，可实现数据共享和信息流畅，使得企业更能够高效地管理项目和资源。

最后，需要不断进行系统整合和升级。在使用项目管理系统的过程中，企业也需要随时更新和优化系统，使其能够适应企业的不断发展和变化。

总之，运用好企业项目管理系统，并不是一件容易的事情，企业需要花费时间和精力进行全面的规划和实施。但是，在实践中，使用项目管理系统可以带来很多益处，促进企业不断向前发展。